Bár Owen Wilson szereti titokban tartani az életét, nemrégiben elárulta, milyen egyedülálló apának lenni. Mindazonáltal egyre hevesebb a kapcsolata – vagy annak hiánya – a lányával.
Wilsonnak három gyermeke van, mindegyiknek más az anyja. Nemrég nyitott az Esquire-nek a fiaival töltött időről. A magazin szerint a fiúkat "egyedülálló apás időbeosztásban" tartja, amit nem magyarázott tovább. Leírta az idejét, amikor a körmük lenyírásával, lefekvés előtti mesékkel és szendvicsekkel foglalkozott velük.
E! A News augusztus 21-én ismertette Wilson interjúját az Instagram-oldalukon, de az Instagram-felhasználók felháborodtak.
Sok Instagram-felhasználó említette a lányát, és azt, hogy mennyire hiányzó apa számára. Wilson nem említette a lányát az Esquire-nek adott közelmúltbeli interjúban.
Wilsonnak van egy Lyla nevű lánya, aki mindössze két éves. Lyla anyja Varunie Vongsvirates, akivel Wilson véletlenül öt évig járt.
Vongsvirates azt mondta a Daily Mailnek, hogy Wilson soha nem találkozott a lányával, és „egyáltalán nem vesz részt” a gondozásában. Kritizálta őt, és kijelentette, hogy apa szerepét játssza a képernyőn, de a való életben elhanyagolta, hogy eljátssza a gyermeküknek.
Wilson 2020-ban önkéntes apasági tesztet végzett, amely megerősítette, hogy ő Lyla apja. Állítólag havi 25 000 dollár gyerektartást fizet a lányáért. Amikor Vongsvirates-t megkérdezték, mit mondana Wilsonnak, azt mondta: "Látnod kell a lányodat, hihetetlen, tényleg lemaradsz. Pont úgy néz ki, mint te."
Wilson nem fűzött megjegyzést ehhez a cikkhez, mióta májusban megjelent.
Wilson fia, Robert, 10 éves, édesanyja Jade Duell. Duell amerikai kormánytisztviselő, és Wilson egykori barátnője. A fiuk születésének évében ketten elváltak. Wilsonnak van még egy fia, Finn, aki hét éves, Caroline Lindqvisttel, aki szintén Wilson személyi edzője.